个人简历：

崔玉军，男，汉族，中共党员，山东利津人，研究员。硕士研究生导师。现任军事医学研究院微生物流行病研究所未知病原分析室副主任。2008年毕业于原军事医学科学院，取得博士学位。近五年来，承担国家自然科学基金2项、北京市科技计划1项、国家重点实验室重点项目1项等。近五年发表学术论文50余篇，其中第一及通讯（含共同）SCI收录17篇，中文核心期刊7篇。代表性论文发表于The New England Journal of Medicine、PNAS（2013,2015）、Nature Communications (2015,2020)、ISME Journal、eLife等杂志。

学习工作经历：

1995.09–1999.07  青岛大学应用化学专业读本科；

1999.07–2002.08  解放军某部工作；

2002.09–2008.06  原军事医学科学院军事预防医学专业读硕士及博士研究生；

2008.06–2017.12  原军事医学科学院工作；

2017.12–至今    军事科学院军事医学研究院工作。

研究方向：

微生物进化与基因组流行病学

科研课题：

1. 北京市科学技术委员会，新冠应急项目，Z201100001020004，2019 新型冠状病毒传播变异监测与进化动力学研究，2020-03至2022-04，240万元，在研，主持。

2. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31970002，鼠疫耶尔森菌结构变异的进化动力学研究 ，2020-01至2023-12，60万元，在研，主持。

3. 国家自然科学基金委员会，面上项目，31770001，高频重组细菌代表性物种——副溶血弧菌的种群结构与进化动力学研究，2018-01至2021-12，55万元，在研，主持。

4. 病原微生物生物安全国家重点实验室，重点项目，SKLPBS1405，鼠疫耶尔森 氏菌种群进化与生态变迁的关联研究，2014-12至2016-12，80万元，已结题，主持。

发表文章（近五年第一或通讯，含共同）：

1. Mao Y, Yang X, Liu Y, Yan Y, Du Z, Han Y, Song Y, Zhou L, Cui Y, Yang R. Reannotation of Yersinia pestis Strain 91001 Based on Omics Data[J]. Am J Trop Med Hyg,2016,95(3):562-570.

2. Cui Y, Song Y. Genome and Evolution of Yersinia pestis[J]. Adv Exp Med Biol, 2016,918:171-192.

3.Qi Z, Cui Y, Zhang Q, Yang R. Taxonomy of Yersinia pestis[J]. Adv Exp Med Biol, 2016,918:35-78.

4. Zhang Y, Luo T, Yang C, Yue X, Guo R, Wang X, Buren M, Song Y, Yang R, Cao H, Cui Y, Dai X. Phenotypic and Molecular Genetic Characteristics of Yersinia pestis at an Emerging Natural Plague Focus, Junggar Basin, China[J]. Am J Trop Med Hyg,2018,98(1):231-237.

5. Song Y, He Q, Zhang J, Qiao J, Xu H, Zhong Z, Zhang W, Sun Z, Yang R, Cui Y, Zhang H. Genomic Variations in Probiotic Lactobacillus plantarum P-8 in the Human and Rat Gut[J]. Front Microbiol,2018,9:893.

6. Xu X, Cui Y, Xin Y, Yang X, Zhang Q, Jin Y, Zhao H, He J, Jin X, Li C, Jin J, Li X, Wu H, Qi Z. Genetic Diversity and Spatial-temporal Distribution of Yersinia pestis in Qinghai Plateau, China[J]. PLoS Negl Trop Dis,2018,12(6):e0006579.

7. Huang W, Wang M, Hao H, Yang R, Xie J, Su J, Lin M, Cui Y, Jiang Y. Genomic Epidemiological Investigation of a Streptococcus suis Outbreak in Guangxi, China, 2016[J]. Infect Genet Evol, 2019,68:249-252.

8. Yang C, Pei X, Wu Y, Yan L, Yan Y, Song Y, Coyle NM, Martinez-Urtaza J, Quince C, Hu Q, Jiang M, Feil E, Yang D, Song Y, Zhou D, Yang R, Falush D, Cui Y. Recent Mixing of Vibrio parahaemolyticus Populations[J]. ISME J,2019,13(10):2578-2588.

9. Yang C, Zhang X, Fan H, Li Y, Hu Q, Yang R, Cui Y. Genetic Diversity, Virulence Factors and Farm-to-table Spread Pattern of Vibrio parahaemolyticus Food-associated Isolates[J]. Food Microbiol,2019,84:103270.

10. Cui Y, Schmid BV, Cao H, Dai X, Du Z, Ryan Easterday W, Fang H, Guo C, Huang S, Liu W, Qi Z, Song Y, Tian H, Wang M, Wu Y, Xu B, Yang C, Yang J, Yang X, Zhang Q, Jakobsen KS, Zhang Y, Stenseth NC, Yang R. Evolutionary Selection of Biofilm-mediated Extended Phenotypes in Yersinia pestis in Response to a Fluctuating Environment[J]. Nat Commun,2020,11(1):281.

11. Wang H, Yang C, Sun Z, Zheng W, Zhang W, Yu H, Wu Y, Didelot X, Yang R, Pan J, Cui Y. Genomic Epidemiology of Vibrio cholerae Reveals the Regional and Global Spread of Two Epidemic Non-toxigenic Lineages[J]. PLoS Negl Trop Dis,2020,14(2):e0008046.

12. Wang D, Wang B, Zhu L, Wu S, Lyu Y, Feng E, Pan C, Jiao L, Cui Y, Liu X, Wang H. Genotyping and Population Diversity of Bacillus anthracis in China Based on MLVA and CanSNP Analysis[J]. Microbiol Res,2020,233:126414.

13. Jiang M, Zhu F, Yang C, Deng Y, Kwan PSL, Li Y, Lin Y, Qiu Y, Shi X, Chen H, Cui Y, Hu Q. Whole-Genome Analysis of Salmonella Enterica Serovar Enteritidis Isolates in Outbreak Linked to Online Food Delivery, Shenzhen, China, 2018[J]. Emerg Infect Dis,2020 ,26(4):789-792.

14. Cui Y, Yang C, Qiu H, Wang H, Yang R, Falush D. The Landscape of Coadaptation in Vibrio parahaemolyticus[J]. Elife,2020,9:e54136.

15. Fan H, Zhang XL, Zhang YW, Huang Y, Teng Y, Guo Y, Mi ZQ, Yang RF, Song YJ, Cui YJ. In silico Assessment of the impact of 2019 Novel Coronavirus Genomic Variation on the Efficiency of Published Real-time Quantitative Polymerase Chain Reaction Detection Assays[J]. Chin Med J (Engl),2020,133(13):1612-1613.

16. Shi L, Qin J, Zheng H, Guo Y, Zhang H, Zhong Y, Yang C, Dong S, Yang F, Wu Y, Zhao G, Song Y, Yang R, Wang P, Cui Y. New Genotype of Yersinia pestis Found in Live Rodents in Yunnan Province, China[J]. Front Microbiol,2021,12:628335.

17. Chen G, Lyu Y, Wang D, Zhu L, Cao S, Pan C, Feng E, Zhang W, Liu X, Cui Y, Wang H. Obtaining Specific Sequence Tags for Yersinia pestis and Visually Detecting Them Using the CRISPR-Cas12a System[J]. Pathogens,2021 ,10(5):562.

获奖情况：

“准噶尔盆地大沙鼠鼠疫自然疫源地发现与研究”获得2017年度新疆维吾尔自治区科学技术进步一等奖（证书号：G20170197，排名第4，2017年）

编写教材（著作）：

1. 塞拉利昂埃博拉疫情防控应急反应组织管理(第四章病例管理组；第九章后勤组)(参编), 军事医学科学出版社 , 2016.

2. Yersinia Pestis: Retrospective and Perspective: chapter 3 Taxonomy of Yersinia pestis and 6-Genome and Evolution of Yersinia pestis ( coeditor), Springer Nature,2016.

3. Yersinia Pestis Protocols: chapter 5 genotyping of YP and 6 WGS analysis of YP ( coeditor), Springer Nature Singapore Pte Ltd, 2018.

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